Le origini di Grotte, a parere di diversi storici, risalgono all’antica “Erbesso”, città sicula, colonizzata dai greci dopo il secolo VIII a.C.. Il nome “Erbesso” sembra derivare dal greco “érebos”, cioè “oscurità sotterranea”, oppure da “Here-bos”, le grotte dei buoi.
Durante la prima guerra punica Erbesso fu utilizzata dai romani, impegnati nell’assedio di Agrigento del 262 a.C., quale centro di raccolta dei viveri e rifornimenti per l’esercito.
Dopo cinque mesi di assedio Annibale, comandante degli assediati, chiese aiuto a Cartagine che inviò in Sicilia, al generale cartaginese Annone di stanza a Lilibeo (Marsala), truppe ed elefanti.
Annone si mosse da Lilibeo verso Agrigento. Giunto ad Eraclea incontrò messaggeri che annunciavano l’intenzione di Erbesso di arrendersi spontaneamente. Tuttavia, anche senza i rifornimenti di Erbesso, i romani riuscirono a sottomettere Agrigento nel 261 a.C. e qualche anno dopo, nel 258 a.C., sottomisero anche Erbesso, passata in mano cartaginese, deportandone in schiavitù gli abitanti. Da allora si perdono le notizie su Erbesso.
Durante l’età romana esistevano in territorio di Grotte gli insediamenti di contrada Falcia e contrada Racalmari, sorti per l’estrazione dello zolfo.
In età bizantina, tra il VII e l’VIII secolo d.C., nelle vicinanze della “Petra” esisteva un insediamento abitativo. La “Petra” è una grande roccia nella quale sono state scavate degli ambienti per essere adibita a fortilizio, per la difesa del territorio, e si trova in territorio di Comitini, al confine col territorio di Grotte. Per cercare riparo dalle aggressioni musulmane gli abitanti dei casali della Falcia e della Petra si rifugiavano (prima saltuariamente, poi stabilmente) nelle grotte esistenti nel vicino pendio collinare roccioso, dando vita all’insediamento che verrà chiamato Grotte.
Nell’anno 840 d.C. Grotte fu saccheggiata dall’esercito musulmano diretto contro Castrogiovanni (l’odierna Enna), ed ancora nell’868 fu messa a ferro e fuoco dall’esercito musulmano diretto contro Girgenti (l’odierna Agrigento).
Nel secolo XII la “Terra di Grotte” appartenne al Vescovo di Girgenti.
Durante il medioevo Grotte fu territorio feudale.
L'esistenza del territorio di Grotte, chiamato Grotticelle, è attestata fin dal 1300 da un documento pontificio che testimonia il pagamento delle decime apostoliche nella diocesi di Girgenti negli anni 1308-1310.
Varie famiglie nobiliari si alternarono nel possesso del feudo di Grotte: Sanches, Ventimiglia, Montaperto, Castrogiovanni… sino al 1376.
Successivamente la baronia di Grotte fu proprietà dei Montaperto sino al 1500.
Nel 1471 Giovanni II d’Aragona (che ebbe tra gli avi l’imperatore Federico II, Re delle Due Sicilie) concesse al barone Federico Montaperto l’autorizzazione a costruire “... una turri seu fortiliziu cum soi barbacani, baglu et merguli per tutela et defentioni di li persuni coversanti in dictu fegu”; una torre con finalità difensive, di guardia, a protezione dei forestieri che si recavano saltuariamente nel feudo di Grotte a lavorare e che non avevano una stabile dimora. La torre di guardia, provvista di merli, venne costruita nella parte più alta del territorio. Nel 1627 il Barone Gaffore acquisterà dal Viceré l'autorizzazione all'esercizio della giustizia penale (e ad innalzare nel paese... "furcas, perticas, palos..."); fece perciò erigere,  come monito, accanto alla già esistente torre, un palo. Da allora la torre venne chiamata "Torre del palo".
Il paese di Grotte nasce a seguito della licentia populandi concessa da parte di Carlo V al barone Gaspare Montaperto (figlio di Federico) il 13 dicembre 1527.  Nel suo testamento il barone Federico Montaperto lascia per dono un calice d’argento alla chiesa Madre (che lui stesso stava facendo costruire) e chiede espressamente di esservi sepolto assieme a suo padre.
Durante il XVI secolo il Casale di Grotte era formato come una colonia agricola sorta attorno a due poli: il convento di San Francesco (oggi andato distrutto) e il convento di Santa Maria Annunziata dei Carmelitani, sede attuale del Palazzo di Città, il quale fu presto abbandonato dai monaci per la troppa povertà.
Nel 1595 Grotte contava 1041 abitanti.
Estintasi la casata dei Montaperto, il feudo passò ai Tagliarla, i quali nel 1601 vendettero la Baronia ai Gaffurri; successivamente passò agli Inguardiola e, nel giugno 1634, fu acquistata da Desiderio Sanfilippo di Piazza Armerina.
Il Re Filippo IV, nel 1648, innalzò il feudo di Grotte agli onori di Ducato.
In seguito il Ducato passò a Vincenzo La Grua Talamanca il quale fece costruire il proprio palazzo (di cui oggi non rimane traccia) nell’attuale Piazza Marconi.
Nel 1688 il Principe di Carini eresse la parrocchia Matrice di Grotte nella Chiesa di Santa Maria dell’Itria, sotto il titolo di Santa Venera, Vergine e Martire e riservandosi, nell’atto costitutivo, il diritto di patronato sulla scelta del rettore.
Nel 1721 il Principe fu nominato “Duca di Grotte”. A quel tempo il paese aveva il XVI posto nel Parlamento e godeva del diritto di armi.
Nel 1772 fu fondato il Collegio di Maria allo scopo di educare le fanciulle povere, annesso alla chiesa di San Vincenzo Ferreri, intitolata successivamente alle Anime del Purgatorio (l’attuale chiesa del Purgatorio ).
Nello stesso periodo esistevano a Grotte altre due chiesette di Campagna: San Nicola e San Giuseppe.
La chiesetta di San Nicola, di cui rimangono pochi ruderi, non può essere dimenticata poiché rappresenta il collegamento tra Grotte e l’antico borgo medievale preesistente di Grotticelle.
Situata nel cuore del più antico quartiere dell’abitato, la chiesa di San Nicola era la ricostruzione cinquecentesca della pieve di San Nicola, di epoca medievale, che esistette a Grotticelle e funzionò da parrocchia sino alla grande peste del 1348 che spopolò il piccolo borgo.
Nella chiesetta di San Nicola erano attive delle confraternite che costruirono e fecero funzionare un ospedale, attivo nel 1607.
Della chiesetta di San Giuseppe l'unico ricordo esistente è nel toponimo grottese "scinnùta di San Giseppi" (discesa di San Giuseppe, che indica la parte alta dell'attuale via Machiavelli).
Intorno al 1600, accanto alla chiesa Madre, venne costruita dai grottesi la chiesa di San Diego. Ricostruita nel 1847, ormai ha perduto la propria funzione essendo stata trasformata nell'attuale cinema "Marconi".
L’ultimo ad esercitare il diritto feudale su Grotte fu Vincenzo La Grua Gioeni, fino al 1812.
Nel 1819 il paese ottenne l’autonomia amministrativa.
Tra il 1830 e il 1840 vennero aperte nel territorio di Grotte ben 13 miniere di zolfo, le quali impiegavano una notevole quantità di manodopera. Precisa il prof. Augusto Marinelli che tra il 1834 e il 1837 le zolfare attive nel territorio di Grotte furono 17 con una produzione annua oscillante da 39.000 a 14.000 cantara. A quel tempo il paese contava circa 4500 abitanti (L’Indice alfabetico dei comuni di Sicilia colla indicazione della valle, del circondario, del distretto e della popolazione a 1° gennaro 1844, compilato nella Direzione Generale di Statistica in agosto 1846, pubblicato in Collezione officiale degli Atti del Comitato generale di Sicilia nell'anno 1848, Palermo, Antonio Muratori, 1848, p. 176, indica la popolazione di Grotte in 4937 abitanti; dalle ricerche storiche del prof. Augusto Marinelli).
Nel 1840 anche Grotte ebbe il suo cimitero . Prima di quell’anno non si sa con certezza dove venissero inumati i defunti; di sicuro nelle cripte delle chiese principali (Santa Venera , Purgatorio , Madonna del Carmelo ), ma con molta probabilità anche alle spalle della chiesetta del Calvario (cimitero di Santa Croce) e nei terreni attigui ai vari luoghi di culto (chiesette di campagna, cappellette votive).
Nel 1842 fu costruita la strada provinciale Agrigento-Caltanissetta, la quale per intervento dell’amministrazione comunale fu fatta passare per Grotte. Il paese, che sino ad allora aveva avuto una espansione edilizia in senso verticale, cambiò fisionomia, iniziando ad espandersi lungo la provinciale la quale divenne corso principale, nonché centro dell’abitato. La costruzione di quest’arteria modificò irreparabilmente alcune caratteristiche di Grotte; venne infatti abbattuto quello che rimaneva del palazzo ducale sito accanto alla chiesa Madre, nell’attuale piazza Marconi e venne divisa in due la salita del Calvario che in origine partiva dalla “Fontana”.
Tra il 1873 e il 1876, a causa dell’insubordinazione di un gruppo di sacerdoti guidati da Don Luigi Sciarratta contro l’allora Vescovo di Agrigento, Mons. Domenico Turano, si ebbe quello che le cronache nazionali definirono “Lo scisma di Grotte”, conclusosi con il rientro in seno alla Chiesa Cattolica di tutti gli scismatici.
In quel clima i valdesi ebbero l’occasione di fondare una Chiesa Evangelica e una scuola elementare aperta a tutti; in tal modo contribuirono a dare i primi rudimenti del sapere ai grottesi.
Verso il 1895 molte miniere di zolfo vennero chiuse perché ritenute poco competitive sul mercato e molti minatori rimasero senza lavoro.
Tra l’emigrazione e l’aumentato tasso di mortalità, la popolazione di Grotte, che nel 1901 contava circa 11.000 abitanti, andò pian piano decrescendo sino alla 1^ guerra mondiale.
Agli inizi del 1900 fu creata a Grotte una piccola Cassa Agraria, la quale verso il 1930 subì un clamoroso fallimento bruciando i risparmi che, con molti sacrifici, tanti emigranti avevano versato.
Gli emigranti partivano con il sogno di poter mettere qualcosa da parte per potere, un giorno, ritornare al paese ed acquistare un pezzetto di terreno. Tutti i loro soldi erano conservati, dai loro familiari, nella Cassa Agraria, per questo il suo fallimento fu, per tutti i cittadini un vero furto.
Il primo conflitto mondiale ridusse al lastrico la già povera economia del paese, privandolo delle risorse umane; in ricordo dei numerosi caduti, al termine della guerra fu eretto in piazza Umberto I un “Monumento ai Caduti”.
Nel 1925 venne edificato un piano sovrastante l’ex carcere mandamentale da affidare alle suore  Boccone del Povero affinché avessero cura degli orfani di guerra e delle orfanelle del paese; dello stesso edificio fu rifatto completamente il prospetto su cui vennero apposte tre lapidi, su due delle quali  vennero incisi i nomi dei 91 soldati grottesi morti nella guerra del 1915-1918.
Oggi questo edificio non esiste più. Sulla stessa area troviamo la “Villetta Collodi” , su una parete della quale sono state ricollocate le tre lapidi.
Il 1932 è l’anno in cui arriva a Grotte l’energia elettrica, dapprima ad illuminare il corso principale, poi le altre strade del paese.
Nel 1935-36 l’Italia conquistò l’Etiopia; dagli Stati membri della Società delle Nazioni venne dichiarata Stato aggressore e nei suoi confronti vennero applicate sanzioni economiche.
Il Gran Consiglio del Fascismo, al 150° giorno dall’inizio dell’assedio economico, ordinò che in tutte le Case Comunali d’Italia venisse murata una “pietra” in ricordo e così il Comune di Grotte acquistò e fece apporre una lapide. 
Tra il 1940 ed il 1945 il 2° conflitto mondiale venne a distruggere la fragile ripresa economica che stava avvenendo nel paese.
Nel 1948 iniziò la costruzione delle fognature cittadine.
Nel 1950 l’acquedotto “Tre Sorgenti” portò a Grotte l’acqua corrente.
Nel 1956 venne costruito l’edificio della Scuola Elementare lungo il Viale della Vittoria.
Nel 1967 fu istituita la biblioteca comunale “Martin Luther King” .
Negli anni seguenti (sino al 1984) furono allargati i locali della Scuola Media, vennero realizzate molte strade di collegamento interno ed esterno del paese, venne risistemata l’antiquata rete fognaria, venne costruita una casa di riposo per anziani affidata alle suore “Boccone del Povero”, venne costruito il campo sportivo.
Da un punto di vista culturale un anno importante è il 1980; in quell’anno venne istituito il premio letterario “Racalmare” presieduto dallo scrittore Leonardo Sciascia.

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